W czasie okupacji willa była siedzibą Hitlerjugend i przetrwała ten okres bez zniszczeń. Po wojnie była kolejno domem wypoczynkowym a później, do grudnia 1981 r., domem dziecka. W roku 1984 Muzeum Tatrzańskie wykonało remont zabezpieczający opuszczonego domu, a w roku 1987 przystąpiło do remontu konserwatorskiego, następnie do urządzania wnętrz willi. Sto lat bez mała po wybudowaniu "Koliby" w grudniu 1993 r. otwarto w niej Muzeum Stylu Zakopiańskiego. Muzealne wnętrza aranżował Władysław Hasior.

W pięciu pokojach najstarszej części urządzono, zgodnie z ich pierwotnymi funkcjami, jadalnię, salon i sypialnię na parterze oraz pokój Gnatowskiego i pokój służącego na piętrze.

Etnograficzna kolekcja Zygmunta Gnatowskiego wróciła na swoje miejsce w "izbie góralskiej". Wszystkie pozostałe meble, sprzęty i drobiazgi rzemiosła artystycznego w stylu zakopiańskim pochodzą z okresu jego największego rozkwitu na przełomie XIX i XX w. Były w tym czasie wykonane według projektów Stanisława Witkiewicza, Wojciecha Brzegi, ucznia i najbliższego współpracownika artysty, wreszcie Stanisława Barabasza, od 1901 roku dyrektora zakopiańskiej Szkoły Przemysłu Drzewnego, który wprowadził styl zakopiański do szkolnych warsztatów. Natomiast pokój służącego został dla porównania wyposażony w meble projektowane przez Franciszka Neużila, pierwszego dyrektora tej szkoły. To właśnie Neużil jako pierwszy wprowadził termin "styl zakopiański" i określał nim projektowane przez siebie meble, zdobione podhalańskim ornamentem. Jednak Witkiewicz ostro krytykował tę działalność Neużila, zarzucając mu przede wszystkim niezrozumienie istoty góralskiego stylu i powierzchowne, artystycznie nieudane, zastosowanie i przetworzenie ludowej ornamentyki.

Muzeum Stylu Zakopiańskiego jest jedynym w Polsce miejscem, gdzie można poznać historię i dokonania pierwszej teoretycznie opracowanej i praktycznie realizowanej koncepcji polskiego stylu narodowego, opartego na budownictwie i zdobnictwie górali podhalańskich.

"Koliba" otwiera krótką, bo zaledwie dwudziestoletnią historię stylu zakopiańskiego. Po "Kolibie" Witkiewicz zaprojektował jeszcze kilka drewnianych, utrzymanych w typie willi-pensjonatu zakopiańskich domów, w tym najpiękniejszy z nich dom "Pod Jedlami". Projektował również meble, różne przedmioty codziennego użytku i część wyposażenia kościoła parafialnego p.w. Najświętszej Rodziny. Jego autorstwa jest projekt kaplicy p.w. Najświętszego Serca Jezusowego w Jaszczurówce, a według ostatnich już planów artysty, rysowanych w 1913 r., wybudowany został murowany gmach główny Muzeum Tatrzańskiego.